Binnen het SCOS wordt doorlopend wetenschappelijk onderzoek verricht. We laten ons inspireren door de verhalen van mensen met autisme en door vragen uit de klinische praktijk. Doel is dat de opbrengsten leiden tot een dieper begrip van autisme in relatie tot de omgeving en bijdragen aan verbetering van de kwaliteit van zorg. De diverse onderzoeken hebben een plek onder onze onderzoekslijnen.  

Kruisbestuiving tussen praktijk en wetenschap vinden we belangrijk. We werken onder meer nauw samen met de Vrije Universiteit in de persoon van prof. dr. Sander Begeer, tevens bekend van het Nationaal Autisme Register en de Radboud Universiteit in de persoon van prof. dr.  Derek Strijbos die de leerstoel Filosofie in de GGz bekleedt en tevens psychiater/ senior onderzoeker is bij het SCOS. Daarnaast is er een samenwerking met de Hogeschool van Amsterdam, waar senior onderzoeker Jannet de Jonge aan verbonden is en de Hogeschool Arnhem en Nijmegen.  

Binnen het SCOS lopen structureel een aantal promotietrajecten en overige onderzoeken (link onderzoeken) en diverse senioronderzoekers doen onderzoek of begeleiden opleidelingen en collega's bij het doen van onderzoek. 

Via wetenschappelijke publicaties dragen we bij aan verspreiding van kennis, verandering van richtlijnen en verbetering van zorg.